Manglares
De las 9433 hectáreas de área terrestre que hacen a Isla Ají, 2146 son de Manglar, extensión que representa cerca del 22.8% del total de las coberturas continentales identificadas para ese Distrito Regional de Manejo Integrado. En estos bosques de manglar es posible hallar cinco especies de mangle: Avicennia germinans, Laguncularia racemosa, Mora oleifera, Rhizophora mangle y Conocarpus erectus. La presencia o ausencia de estas especies, ya sea en uno u otro lugar, obedece, principalmente, a las condiciones de salinidad del agua y a qué tanto logra ingresar la marea en el continente cuando esta sube.
Cangrejo azul
Lo llaman científicamente Cardisoma crassum, y es uno de los varios objetos de conservación que busca salvaguardar Isla Ají. Si bien el rango de distribución de este crustáceo es amplio -va desde Baja California (México) hasta Perú, a lo largo de la costa pacífica de Centro y Suramérica-, en Isla Ají es una especie clave por su rol como reciclador de nutrientes (se alimenta de materia en descomposición) y por formar parte de los platos típicos que preparan y consumen los habitantes locales en esa región del Chocó Biogeográfico.
Las piangüeras
El Distrito Regional de Manejo Integrado Isla Ají también busca proteger el saber tradicional y los usos que sus habitantes hacen de los recursos naturales allí existentes. Ejemplo de lo anterior es la extracción de la piangua, prática realizada principalmente por mujeres, y cuyas faenas duran entre cinco y ocho horas al día. En tal lapso de tiempo, las piangüeras introducen sus experimentadas manos entre las raíces de los manglares en busca de dicho molusco. En esta zona del Pacífico colombiano existen tres especies de piangua: piangua hembra (Anadara tuberculosa), piangua macho (Anadara similis) y sangara (Anadara grandis), siendo todas usadas para consumo local y medicinal.
Los planos lodosos
Los cambios que sufre a diario el nivel de la marea en el Océano Pacífico, son un fenómeno extremadamente evidente. Y si hay una imagen que bien describe esta condición, es la que acompaña el presente texto. En la misma, observamos los llamados “planos lodosos”, que no son cosa diferente que esos fangosos bancos de arena que quedan expuestos sobre la costa una vez el nivel de mar desciende y sus aguas se alejan del continente. Entre muchos otros servicios ambientales, estos planos lodosos son el depositario de una gran cantidad de microorganismos que hace las veces de alimento para una amplia diversidad de aves playeras residentes y migratorias.
Los bosque de tierra firme
Con el 56.4% de área total, este tipo de ecosistema representan la principal cobertura que viste a Isla Ají. Son bosques que están compuestos por árboles de enorme apariencia que también soportan un gran número de plantas epífitas (son plantas que viven sobre otros organismos, pero no los parasitan). Adicionamente, en estos espacios también es común hallar palmas, arbustos y ciertos tipos de herbáceas. Si bien los bosques de tierra firme de Isla Ají han sido intervenidos , en varias zonas para dar paso a las actividades agrícolas, aún existen amplias coberturas de los mismo cuyas especies y procesos ecológicos requieren ser protegidos para lograr su regeneración natural.